Studenti bakalářských programů volí téma bakalářské práce ve 4. semestru, studenti magisterských oborů/programů volí téma diplomové práce v 2. semestru studia. Studenti se zpravidla přihlašují na konkurzy rámcových témat závěrečných prací, které vyhlašují vedoucí prací z jednotlivých kateder PEF. Volba tématu probíhá prostřednictvím Univerzitního informačního systému (konkrétně v části Portál studenta > Rozpisy témat > Témata k závěrečným pracím > Seznam témat > tlačítko pro přihlášení lze nalézt po rozkliknutí daného tématu) v termínech stanovených harmonogramem PEF. Podrobnější návod k volbě témat závěrečných prací je uveden v souladu s termínem volby v zásadních informacích na úvodní stránce UIS po přihlášení. Vypsaná rámcová témata si lze zobrazit i před termínem volby v UIS, konkrétně přehled rámcových bakalářských témat zde a diplomových témat zde. Vypsaná rámcová témata jsou aktualizována (přidávána, rušena, upravovány termíny konkurzů apod.) ještě několik dní před stanoveným termínem volby témat.
Téma bakalářské i diplomové práce si studenti volí podle svého studijního oboru/programu a odborného zaměření příslušných kateder. Také by měla být zohledněna další specializace a specifické zájmy studenta, případně zájmy podniku, se kterým student spolupracuje nebo chce spolupracovat, a významným faktorem může být i praktická využitelnost daného tématu, která může znásobit studentovo úsilí a zájem. Neméně důležitá je při volbě závěrečné práce i osoba (osobnost) vedoucího práce, který má být odborným garantem, dohlížitelem, průvodcem, koordinátorem, koučem a nakonec i posuzovatelem práce.
V případě, že student u konkurzu neuspěje, může se po elektronickém zamítnutí pedagogem nebo vlastním odhlášení z konkurzu přihlásit na další konkurz. Pokud již žádné konkurzy k dispozici nejsou, může student hledat vedoucího práce individuálně mezi vedoucími prací, kteří přijali málo řešitelů dle výše uvedeného přehledu rámcových témat.
Spolupráce studenta s vedoucím začíná založením zadání závěrečné práce vedoucím práce v UIS. Poté, co vedoucí založí studentovi zadání závěrečné práce, zobrazí se studentovi v Portálu studenta u daného studia ikonka závěrečné práce (knihy). Pokud student nevidí danou ikonku závěrečné práce, nebylo mu po schválení tématu zadání vedoucím založeno a je nutné se domluvit s vedoucím práce na založení zadání závěrečné práce. Studenti zpracovávají své závěrečné práce v souladu s pokyny danými v zadání práce, které po dohodě se studentem připravuje vedoucí práce - případně může vedoucí práce odemknout zadání pro úpravu studentovi. Zadání práce se vyhotovuje v UIS a musí být schváleno (tj. opatřeno elektronickým podpisem) vedoucím katedry, na které je práce zadána, a děkanem PEF. Aby byl schvalovací proces postoupen vedoucímu katedry a následně děkanovi, musí nejdříve zadání práce schválit vedoucí práce.
Vedoucí práce také určuje podmínky udělení jednotlivých zápočtů za závěrečnou práci a praxi s ní spojenou a uděluje studentům zápočty. Založení zadání a rozpracování teoretické části práce je předpokladem pro udělení prvního zápočtu za závěrečnou práci (předmět Bakalářská práce 1 ve 4. semestru bakalářského studia, předmět Diplomová práce 1 ve 2. semestru magisterského studia).