Vědeckovýzkumná činnost představuje jednu z prioritních oblastí Provozně ekonomické fakulty České zemědělské univerzity v Praze.
Provozně ekonomická fakulta je pravidelným pořadatelem vědeckých a odborných konferencí, jako jsou Agrární perspektivy, ERIE a další.
Provozně ekonomická fakulta má provázaný systém akreditovaných oborů doktorského studia a oborů habilitačního a profesorského řízení.
Na Provozně ekonomické fakultě působí Interní grantová agentura PEF, která zajišťuje organizaci grantové soutěže, která je financována z prostředků určených na podporu specifického vysokoškolského výzkumu.
Administraci vědecké a výzkumné činnosti na PEF zajišťuje Oddělení vědy a výzkumu.