Vědeckovýzkumná činnost představuje jednu z prioritních oblastí Provozně ekonomické fakulty České zemědělské univerzity v Praze.

Pracovníci fakulty se úspěšně zapojují do řešení tuzemských i mezinárodních grantových projektů. V tomto ohledu fakulta spolupracuje s významnými akademickými a výzkumnými organizacemi z Rakouska, Velké Británie, Německa, USA, Francie, Švédska, Švýcarska, Polska, Slovenska a z dalších zemí. V současné době jsou na Provozně ekonomické fakultě řešeny dva institucionální výzkumné záměry: Informační a znalostní podpora strategického řízení (2005-2011) a Ekonomika zdrojů českého zemědělství a jejich efektivní využívání v rámci multifunkčních zemědělskopotravinářských systémů (2007-2011). Detailní informace o těchto projektech lze najít v Informačním systému výzkumu, experimentálního vývoje a inovací.

Provozně ekonomická fakulta je pravidelným pořadatelem vědeckých a odborných konferencí, jako jsou Agrární perspektivy nebo ERIE a další.

Provozně ekonomická fakulta má provázaný systém akreditovaných oborů doktorského studia a oborů habilitačního a profesorského řízení.

Na Provozně ekonomické fakultě působí Interní grantová agentura PEF, která zajišťuje organizaci grantové soutěže, která je financována z prostředků určených na podporu specifického vysokoškolského výzkumu.

Administraci vědecké a výzkumné činnosti na PEF zajišťuje Oddělení pro vědu a výzkum.